PHPではデータベースを扱うためのたくさんの関数があります。
データベースは、PHPやWEBサーバーと同じではなく、また新たにデータベースサーバーという専用のソフトが動きます。
データベースを直接、PHPが操作するのではなく
データベースを操作するためのSQLという言語を、PHPで組み立てて、データベースサーバーに渡し
PHPはデータベースから戻ってきた値を受け取り、PHPのプログラムで利用します。
データベースの正規化についてのわかりやすいページ 情報処理試験対応です。
http://www.mirai.ne.jp/~suehiro/am/kihonyougo/normal.htm
http://hccweb1.bai.ne.jp/~hdg93401/sad/db/seikika.html
もっと開発者チックに、、、
http://www.atmarkit.co.jp/fdb/rensai/db_enginer03/db_enginer03_1.html